Đôi khi người ta gán cho UFO là một phần trong những âm mưu kỹ lưỡng mà chính phủ đang cố ý che giấu sự tồn tại của sinh vật ngoài Trái Đất (alien) hay cộng tác với chúng.

Cũng có suy đoán rằng sự kiện UFO là các thử nghiệm bay của những khí cụ bay, vũ khí cao cấp. Trong trường hợp UFO bị nhìn thấy thì đó là sự thất bại trong việc giữ bí mật, hoặc cố ý tìm cách xâm phạm thông tin tình báo. (Xem Vùng 51.)

Cũng có đề xuất cho rằng tất cả hay đa số kỹ thuật, văn hóa nhân loại được xây dựng từ cơ sở từ các liên lạc với nền văn minh ngoài Trái Đất. (Xem giả thuyết những nhà du hành vũ trụ cổ xưa.)